Oljetillgångarna har gjort ett litet antal nigerianer stormrika, medan fattigdomen stadigt ökar för en majoritet av invånarna. Enligt landets statistiska centralbyrå levde tre nigerianer av fem i stor fattigdom 2010, i vissa områden upp till fyra av fem. I fråga om mänsklig utveckling ligger landet efter många andra länder i Afrika. Det beror bland annat på att sjukvården är ovanligt dåligt utvecklad.

Världshälsoorganisationen WHO har dömt ut sjukvårdssystemet i Nigeria som ett av världens sämsta. Hälsovården har försämrats efter de stora satsningar som oljeinkomster möjliggjorde på 1970-talet. I ett försök att förbättra situationen infördes ett obligatoriskt socialförsäkringssystem för offentliganställda 2003. En avgift på 5 procent av inkomsten gav rätt till sjukvård för den anställda, make/maka och upp till fyra barn. Undantag gjordes för vissa sjukdomar som cancer och hiv/aids. Andra anställda skulle ha rätt att ansluta sig om de ville.

Barnadödligheten är mycket hög. Enligt uppgifter från Rädda barnen 2010 dör årligen nästan 800 000 barn före fem års ålder i Nigeria. Orsaken är i allmänhet sjukdomar som går att både förebygga och behandla. Särskilt illa är det i landets norra delar.

År 2009 stod det klart att 460 barn hade dött och ytterligare 4 000 skadats av blyförgiftning i delstaten Zamfara i norr. Blyet spreds i miljön när guldletare krossade stenblock för att komma åt guldet. Nigerias regering lovade i november 2011 att lägga mer än motsvarande fem miljoner USA-dollar på att sanera de kontaminerade markerna.

Nära ett barn av tre är underviktigt. Undernäring hos befolkningen i stort är dock inte lika vanligt i Nigeria som i andra, lika fattiga länder. Andelen undernärda i befolkningen har minskat från nästan 40 procent i början av 1980-talet till mellan 5 och 10 procent i dag. Det har skett mycket tack vare att nya, mer högavkastande sorter av kassava börjat odlas.

Även mödradödligheten är hög. Många graviditeter i unga år är en orsak. En annan är den bristfälliga sjukvården; det går en läkare på 3 000 invånare. Ändå har sjukvårdsresurser snarare satsats på personal än på byggnader och utrustning.

En tredje orsak till den höga mödradödligheten är att aborter endast tillåts om kvinnans liv är i fara. Desperata kvinnor vänder sig till illegala abortörer, som ofta saknar sjukvårdsutbildning. Varje år dör omkring 10 000 kvinnor i Nigeria till följd av aborter. Man tror att var sjätte kvinna i världen som dör efter illegal abort är en nigerianska. Försök att ändra abortlagstiftningen har hittills stoppats av konservativa krafter.

Kvinnans ställning är svår. Det är vanligt att minderåriga flickor blir bortgifta, och i vissa folkgrupper saknar kvinnan arvsrätt. Månggifte förekommer, bland både kristna och muslimer. Detsamma gäller könsstympning; upp till 60 procent av kvinnorna beräknas ha utsatts för någon form av kvinnlig omskärelse. Sedvänjan fördöms av myndigheter men är endast i några få delstater förbjuden i lag.

I södra Nigeria betraktades tvillingfödslar i gamla tider som onaturliga och olycksbringande, och det förekom att både mor och barn dödades, men den sedvänjan är nu förbjuden överallt. Fortfarande händer det att änkor måste underkasta sig besvärliga riter, att barnlösa kvinnor utsätts för grov diskriminering och att människor förföljs därför att de tros ägna sig åt häxerier. Sedan 1990-talet hemsöks delstaten Akwa Ibom i sydöst av föreställningar om barnhäxor, något som lett till att mängder av barn övergivits, misshandlats eller rentav dödats. Pseudokristna ”pastorer” tjänar grova pengar på att driva ut onda andar ur de utpekade barnen.

Homosexualitet är förbjudet i lag. På en del håll räknas slavättlingar till särskilda kaster som diskrimineras (för historisk bakgrund, se Äldre historia). I november 2009 uppmanade människorättsorganisationen Civil Rights Congress of Nigeria de traditionella härskarna (kungar, emirer, hövdingar etc) att erkänna den roll vissa av deras förfäder spelade i tidigare århundradens slavhandel då de tillfångatog och sålde sina landsmän.

Brottslighet är ett stort problem, framför allt i städerna. Nigeria är bland annat ett genomgångsland för narkotikasmuggling från Sydamerika och Asien till USA och Europa.

Hiv är inte är lika spritt som i södra Afrika. Antalet hivsmittade nigerianer beräknas ändå uppgå till över tre miljoner, eftersom den totala befolkningen är så stor. Närmare en miljon barn är föräldralösa på grund av aids. Myndigheterna har, i samarbete med bland annat FN, sökt öka tillgången till bromsmediciner med målet att alla ska ha tillgång till behandling. Ett program för att få alla att hiv-testa sig lanserades 2006 av dåvarande presidenten Obasanjo, som började med sig själv.

En rykteskampanj mot poliovaccinering i Kano i norra Nigeria 2003 ledde till att en global satsning på att utrota polio misslyckades. Nigeria var då ett av bara sex länder i världen där poliovirus ännu fanns kvar. Ryktena gjorde gällande att vaccinet innehöll dels hiv-virus, dels ämnen som gjorde mottagarna ofruktsamma. Religiösa muslimska ledare underblåste ryktena och en shariadomstol slog fast att USA framställt vaccinet för att minska antalet muslimer i världen.

Vaccineringarna i norra Nigeria fick snabbt avbrytas och kunde återupptas först närmare ett år senare. Under tiden spreds polio från Nigeria till åtminstone 20 länder där viruset hade betraktats som utrotat. 2007 hade, enligt chefen för Världshälsoorganisationen WHO:s poliobekämpning, Bruce Aylward, över tusen barn blivit förlamade till följd av att Nigeria fyra år tidigare hade stoppat vaccinationerna. Kampen för att hindra polio från att åter spridas över världen hade kostat mer än en halv miljard dollar. Andra halvåret 2008 var Nigeria epicentrum för ett nytt utbrott av polio i Västafrika, men efter flera vaccinationsomgångar halverades antalet rapporterade nya fall i Nigeria under 2009.