I Nigeria finns något fler muslimer än kristna. Ungefär en tiondel av invånarna utövar traditionella inhemska religioner. Islam dominerar i norr och är starkt förknippat med hausa-fulanifolkens kultur. Bland yoruba finns både kristna och muslimer, medan igbo till största delen är kristna.

Motsättningar mellan religiösa grupper har funnits länge i Nigeria. Massakrer 1966 på tiotusentals kristna igboer i muslimska områden i norr var en av de faktorer som utlöste Biafrakriget (se Modern historia). Enligt författningen ska stat och religion vara åtskilda. Trots det har religion kommit att spela allt större roll i politiken sedan demokratin återupprättades 1999. Tolv delstater, i praktiken hela norra Nigeria, införde sharialagar 2000-2001. Med strikt tolkning av islamisk rättspraxis innebär det att stening, stympning och spöstraff tillämpas. Även kristen fundamentalism har vuxit snabbt på senare år. Blodiga sammanstötningar mellan kristna och muslimer är ett återkommande fenomen (se vidare nedan).

Flertalet muslimer är sunniter, men det finns en växande andel shiiter. Islam kom till norra Nigeria redan på 1000-talet, via handelsvägar genom Sahara. Religionen fick tidigt fotfäste i städerna och muslimska ledare upprättade feodala småstater. Det var framför allt på 1800-talet som islam fick sin nuvarande utbredning i Nigeria. Härskarna i norr, emirerna, satt kvar även under det brittiska kolonialstyret, då de bildade en mäktig politisk elit. Även i det självständiga Nigeria har de flesta ledande politiker kommit från de muslimska områdena i norr.

I mellersta Nigeria gjorde folk motstånd mot att hamna under muslimskt styre. På 1800-talet spreds islam av fulani med hjälp av religiösa krig, jihad, in mot yorubafolkets områden i sydväst. Samtidigt predikade missionärer i södra Nigeria kristendomen. Att anta islam, eller att låta döpa sig som kristen, blev för människor i utsatta områden ett sätt att rädda sig undan slavräder, eftersom slavhandlarna undvek att fånga och sälja dem som tillhörde deras egen religion. Yoruba splittrades liksom folken i mellersta Nigeria i grupper av kristna, muslimer och anhängare av traditionella religioner. Igbo och andra folk i sydöst blev till större delen kristna, oftast katoliker.

Bland yoruba är kristna och muslimer ungefär lika många idag, medan en liten andel håller fast vid sina förfäders religion med dess många gudar. Yoruba är dock av tradition religiöst toleranta. Medlemmar i en och samma familj kan höra till olika religioner, och yoruba-muslimer har brukat känna större samhörighet med kristna yoruba än med trosfränder i norr. Den traditionella yoruba-religionen, där kungarna spelar en viktig roll, har genom slavhandeln fått avläggare så långt bort som i Brasilien (i den tro som där kallas candomblé). Så kallade aladura-kyrkor blandar kristendom med inhemsk religion och finns främst i Yorubaland och i icke-muslimska områden i mellersta Nigeria.

Kristna yoruba är till störst delen protestanter. Nigerias anglikanska kyrka, grundad 1842, har sedan 1980-talet gått starkt framåt och blivit den näst största anglikanska kyrkan i världen. Fler än hälften av världens anglikaner finns i Afrika. För många av dem är Nigerias anglikanske ärkebiskop en större auktoritet än ärkebiskopen av Canterbury i England, i synnerhet vad gäller synen på homosexuella. Nigerias anglikanska kyrka bröt med den anglikanska kyrkan i USA sedan den 2003 utsett en biskop som var öppet homosexuell, och 2008 bojkottade ärkebiskopen och många andra biskopar av liknande skäl den konferens som anglikanska kyrkan vart tionde år håller i Canterbury.

Konkurrens med pingstkyrkorna på missionsfältet antas främja en strängt bibeltrogen hållning bland anglikanerna. En aspekt av deras konservatism är också att den utgör ett försvar mot muslimsk fundamentalism. Anglikanernas inställning är trots allt mer tolerant än den som finns i de muslimska sharialagar som införts i norra Nigeria. Många kristna är också rädda för att förknippas med västerländsk omoral och dekadans, eftersom beskyllningar i den riktningen ibland utmynnat i blodiga förföljelser.

När sharia infördes i norr protesterade många kristna som bodde där, trots att lagarna inte var tänkta att tillämpas på dem. Svåra oroligheter bröt ut på flera håll (se Modern historia). Misstankar förekom om att marginaliserade politiker från norra Nigeria låg bakom mycket av oroligheterna. Många muslimer hoppades att sharia skulle skapa rättvisa också för de fattiga, i ett rättssystem som annars genomsyrades av korruption. Genom att införa sharia ville dessutom emirerna göra sig populära bland unga radikala islamister, som börjat vända sig mot deras feodala styre.

Sedan sharia infördes har dryga tiotalet dödsstraff genom stening utdömts, bland annat för kvinnor som anklagats för äktenskapsbrott. Domarna har väckt starka protester både i Nigeria och i omvärlden, och i samtliga kända fall har de dömda benådats eller fått fängelsestraff istället. Åtminstone ett par tjuvar har dock fått en hand avhuggen, och många muslimer som ertappats med att dricka alkohol har piskats. 2010 förbjöd en shariadomstol i Kaduna muslimer att delta i en pågående debatt i sociala medier om stening.

Åren efter att Olusegun Obasanjo (en kristen yoruba) omvaldes som president 2003 minskade det religiöst motiverade våldet. Konflikten om sharialagarna i norr tycktes efter hand mista sin sprängkraft och nämndes knappast inför valet 2007. Men därefter har konflikter mellan religiösa grupper på nytt trappats upp, särskilt i mellersta Nigeria där hundratals har dödats i sammanstötningar. En militant islamistsekt, Boko Haram, har sedan 2009 genomfört en rad terrorattentat. Gruppen kräver att sharia införs i hela Nigeria (se vidare Aktuell politik).