Väg- och järnvägsnätet är underdimensionerat och underhållet eftersatt i Nigeria. Trängseln är stor på vägarna och säkerheten usel. I Lagos finns landets största hamn liksom den största flygplatsen med utrikestrafik.

Under oljeboomen på 1970-talet byggdes vägar, hamnar, broar och flygfält. På 1980-talet ansågs Nigeria ha ett bra vägnät, men utbyggnaden upphörde när oljepriserna föll. Eftersatt underhåll och ökad belastning har sedan dess lett till stora försämringar, även om kvaliteten är ojämn.

En del huvudvägar håller god standard, men många småvägar är knappt framkomliga med vanliga personbilar. Säkerheten är ett problem: dels inträffar många olyckor, dels förekommer vägrånare. Nigeria är dessutom ökänt för vägspärrar där soldater, poliser och andra tvingar resande att betala mutor för att få åka vidare.

Järnvägsnätet omfattar cirka 350 mil och är huvudsakligen smalspårigt. Trafiken är begränsad, 2005 användes bara en femtedel av kapaciteten. Regeringen presenterade planer på modernisering och utbyggnad, samt en försäljning av det statliga järnvägsbolaget. En viss upprustning följde, men bolaget var ännu statligt 2011.

Viktiga hamnar finns i Port Harcourt, Calabar, Warri och Sapele. Större delen av Nigerias handel sker emellertid via hamnarna kring Lagos. För att slippa tampas med korruption, trög byråkrati och utrustning som inte fungerar har de internationella oljebolagen i Nigeria byggt egna terminaler som de sköter själva.

Flodtrafiken på Niger, en av Afrikas längsta floder, hämmas dels av oron i Nigerdeltat (se Aktuell politik), dels av att floden är mycket grund eftersom slam samlas på bottnen. Slammet orsakar också översvämningar och gör det svårare att utvinna vattenkraft.

Internationella flygplatser finns i Abuja, Kano och Port Harcourt, förutom i Lagos. Därutöver finns ett antal större flygplatser för inrikestrafik. Bristande underhåll och säkerhet ger dem rykte om att vara bland de sämsta i världen. Tidigare fanns ett statsägt flygbolag, Nigeria Airways. Då staten försökte sälja bolaget i början av 2000-talet var det så vanskött och plundrat på tillgångar att ingen ville köpa det. 2005 bildades Virgin Nigeria, som Nigeria Airways ersättare, ett bolag som till 51 procent ägdes av nigerianska aktieägare. Det har senare omvandlats till Air Nigeria. Utländska aktörer står för merparten av den internationella flygtrafiken. Inrikestrafiken sköts främst av lokala bolag.