Jordbruket förlorade i betydelse när oljeutvinningen sköt fart på 1960-talet. Nigeria som tidigare var en stor exportör av jordbruksvaror blev beroende av import. Men sektorn är fortfarande viktig för både försörjning och sysselsättning, och på senare år har odlingen ökat på nytt. Småbönder står för merparten av produktionen.

En majoritet av befolkningen arbetar fortfarande med jordbruk, både för självhushåll och kommersiellt. Jordlotterna är ofta små och odlingen sker med enkla redskap. Svedjebruk är vanligt och omfattande arealer ligger växelvis i träda. Marken ägs av staten vilket innebär ett hinder för modernisering, eftersom bönderna har svårt att låna pengar med arrenderad mark som säkerhet.

I det tätbefolkade och regnrika södra Nigeria är de vanligaste matgrödorna två rotfrukter, kassava (maniok) och jams. Nigeria är världens största producent av kassava, som det också finns planer på att använda till biobränsle. I det torrare norr är sädesslagen hirs och durra viktigast. Grönsaker och frukt odlas i hela landet.

Kakao, jordnötter, gummi, bomull och palmolja odlas för försäljning. Kakaobönor, som mest odlas i sydväst, var den stora exportprodukten före oljans tid. Nigerias andel av världsmarknaden har sedan dess krympt avsevärt, men samtidigt är kakao den enda gröda som ger något större bidrag till exportinkomsterna.

Boskapsskötsel utgör en mindre del av jordbrukssektorn. Uppfödning förekommer främst i norr, där det inte finns några tsetseflugor.

Fiske bedrivs i liten skala längs kusten samt i floder och sjöar. I Nigerdeltat utgör oljeutsläpp och förstörelsen av mangroveskogarna ett hot mot framtida fiskbestånd.

Skog avverkas också för att få ved och timmer. Efter en halvering av skogen på bara drygt 20 år var endast en tiondel av Nigerias yta skogbevuxen 2010. I norr bidrar insamlandet av ved för hushållsbränsle till att odlingsbar mark ersätts av öken. Försök att återplantera träd har hittills haft begränsad framgång. Nigerias orörda skogar är de som försvinner allra snabbast. I början av 2000-talet förlorade Nigeria sådana ekologiskt viktiga skogar i snabbare takt än något annat land i världen, enligt FN:s jordbruksorganisation FAO.